Když pominuly časy pohanství, kdy křesťanství přestalo být pronásledováno a bylo uznáno jako světové náboženství, zdálo by se, že všechny rozdíly by měly být vyřešeny. Ale někdy jen ekumenické koncily mohly vyřešit vznikající konflikty, vyvrátit heretická učení – ani uvnitř církve nebyl mír.
Prvním ekumenickým koncilem byl Nicejský koncil, svolaný v roce 325. Důvodem bylo rozšířené učení alexandrijského presbytera Aria. Jeho podstatou bylo popření identity mezi Bohem Otcem a Bohem Synem. Tvrdil, že Ježíš Kristus byl stvořen Pánem, ale není jeho inkarnací. Taková myšlenka zásadně vyvracela všechna křesťanská dogmata, a proto bylo zpočátku učení Ariuse Místní radou odmítnuto. Hrdý presbyter však odmítl uznat rozhodnutí koncilu jako legitimní a nadále si získával věřící.
Poté pozval císař Konstantin biskupy z celého světa na ekumenický koncil do malého města Nicaea (nyní zvaného Iznik a ležícího na území moderního Turecka). Někteří z přítomných představitelů církve nesli na těle stopy mučení,přijato ve jménu pravého křesťanství. Přítomni byli i biskupové podporující Ariuse.
Debata trvala více než dva měsíce. Během této doby došlo k mnoha diskuzím, projevům filozofů, objasňování teologických formulací. Jak vypráví legenda, projev božského zázraku ukončil hašteření. Jako jednotu tří principů uvedl příklad hliněného střepu: voda, oheň, hlína tvoří jeden celek. Stejně tak Svatá Trojice je v podstatě jeden Bůh. Po jeho proslovu se ze střepu objevil oheň, objevila se voda a vytvořila se hlína. Po takovém zázraku Nicejský koncil nakonec odmítl Ariovo falešné učení, vyloučil ho z církve, schválil Vyznání víry a zavedl 20 pravidel církevní kázně, určil datum slavení Velikonoc.
Tento církevní koncil však tento problém neukončil. Kontroverze pokračovaly velmi dlouho. Dokonce i nyní jsou jejich ozvěny stále slyšet - arianismus tvořil základ učení svědků Jehovových.
Kromě koncilu z roku 325 se konal také druhý nikajský koncil, který v roce 787 svolala císařovna Irene z Konstantinopole. Jeho účelem bylo zrušit obrazoborectví, které v té době existovalo. Ve skutečnosti se carevna dvakrát pokusila svolat ekumenický koncil. Ale v roce 786 vtrhly stráže podporující obrazoborce do Chrámu svatých apoštolů v Konstantinopoli, kde koncil začal pracovat. Svatí otcové se museli rozejít.
Po tom, co se Irina uchýlila ke značným trikům, rozpustila starou gardu, naverbovala nové jednotky, přesto svolala katedrálu v787, ale přesunul ji z Konstantinopole do Nicaea. Jeho práce trvala měsíc, po jejích výsledcích byla obnovena úcta ikon, byly povoleny v kostelech.
Ani tento Nicejský koncil však nedokázal plně dosáhnout svého cíle. Obrazoborectví nadále existovalo. Obrazoborecké hnutí bylo nakonec poraženo až v roce 843 na Konstantinopolském koncilu.